Susunan organisasi Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Kabupaten Mempawah adalah sebagai berikut:
1. Kepala Dinas;
2. Sekretariat, membawahi 2 (dua) Sub Bagian yang terdiri dari:
    a. Sub Bagian Umum dan Aparatur;
    b. Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan.
3. Bidang Sumber Daya Air, membawahi 2 (dua) Seksi yang terdiri dari:
    a. Seksi Irigasi dan Air Baku;
    b. Seksi Pengembangan Daerah Rawa dan Pantai.
4. Bidang Bina Marga, membawahi 2 (dua) Seksi yang terdiri dari:
    a. Seksi Pembangunan Jalan dan Jembatan;
    b. Seksi Preservasi Jalan dan Jembatan.
5. Bidang Cipta Karya, membawahi 2 (tiga) Seksi yang terdiri dari:
    a. Seksi Pembangunan Gedung;
    b. Seksi Pemeliharaan Gedung.
6. Bidang Tata Ruang, membawahi 2 (dua) Seksi yang terdiri dari:
    a. Seksi Pemanfaatan Ruang;
    b. Seksi Pengendalian Ruang.